Bij een bootverzekering kan er sprake zijn van een eigen risico, maar in elk geval geldt voor de wettelijke aansprakelijkheidsverzekering voor de boot, dat er geen eigen risico wordt toegepast. Dit kan anders worden als er wordt gekozen voor een aanvullende bootverzekering. In dat geval kan de verzekeraar per gebeurtenis een eigen risico hanteren. De hoogte van het eigen risico zal afhankelijk zijn van de waarde van de boot. In het geval van boten tot een waarde van 200.000 euro kan er bijvoorbeeld een eigen risico toegepast worden van 125 euro per onvoorziene gebeurtenis. Dit is een voorbeeld en kan uiteraard per verzekeringsmaatschappij verschillen. Naast dat de verzekeringsmaatschappij bij de aanvullende bootverzekering een verplicht eigen risico in de polisvoorwaarden kan opnemen, wordt ook vaak de mogelijkheid geboden om een vrijwillig eigen risico te verhogen. Door het vrijwillig verhogen van het bedrag van het eigen risico, kan de premie van de bootverzekering omlaag gaan.